Este recinto fue parte del barrio de La Merced y fue constituido por cuatro edificaciones: La Ermita de San Jerónimo, la Capilla de Jesús Nazareno (que hoy se encuentra en el Templo de La Merced), la sacristía y un claustro, construido con mampostería y tapial para ser sede del colegio mercedario.
Se reconoce que la ermita y la capilla de Jesús Nazareno fueron construidas en la primera mitad del siglo XVII – quedando como constancia los muros que hoy pueden observarse en la 1a calle poniente, en donde resalta el escudo mercedario. La mención más antigua que se hace de la imagen de Jesús Nazareno de San Jerónimo data de 1675, dado que para ese año las autoridades eclesiásticas aprobaron sus ordenanzas de cofradías. Según investigaciones realizadas por el arquitecto Mario Ubico, confirman que la imagen se veneraba desde hacía muchos años atrás.
La segunda fase de construcción dio inicio alrededor del año de 1739 donde doña Ana María de Ávila y Quiroz donó un terreno que serviría para el Colegio de San Jerónimo. Su construcción empezó siguiendo los lineamientos de Fray Bartolomé de los Ríos, y se completó el recinto en el año de 1757.
Dado a que la edificación sufrió varios percances (entre ellos terremotos y algunas inundaciones) se murmuraba que dado a que era un lugar mayormente habitado por indígenas y población negra (y no se casaban por la iglesia católica sino solo vivían en unión libre) todo lo que ocurría era un castigo divino. Como solución, la iglesia católica llevó a cabo casamientos masivos.
Es una estructura barroca con una fuente donde el agua era utilizada tanto como un símbolo de movimiento como para engalanar el lugar. El lugar tenía dos niveles (uno para el colegio y uno para el claustro), siendo aún un ejemplo de sobriedad y de congruencia debido a las actividades sísmicas del país. Aún se aprecia hoy en día el grueso y la desnudez de sus paredes, de pie ante el tiempo para mostrarla belleza e historia de este magnífico monumento.